Søker etter genomet til den utdødde juleøya-rotten

Mammut, dodo, brevdue, tasmansk tiger. Forskere har forsøkt å gjenopplive utdødde dyrearter siden 1990. Et team av forskere viser at dette ikke er så enkelt, med en studie som 9. mars på nåværende biologi dukket opp.

Forskere rettet oppmerksomheten mot Rattus macleari, en rødbrun rotte som streifet rundt Christmas Island, en øy i Det indiske hav. Arten ble utryddet mellom 1898 og 1908, antagelig på grunn av en smittsom sykdom fra norske brunrotter som ankom europeiske skip.

Forskerteamet hentet ut DNA fra to tørkede skinn av den utdødde rotten fra samlingen ved Oxford University Museum og kartla genomet. «Hvis du sekvenserer et genom, gir dagens teknikker deg mange separate biter av DNA som du må sette sammen,» sier evolusjonsbiolog Barbara Gravendeel fra Naturalis. «For å sette sammen puslespillet bruker du vanligvis et eksempel. Hvis arten ikke lenger er i live, vil den ikke ha et fullstendig eksempel og det vil være mye vanskeligere å bestemme DNA-sekvensen. Forskerne viser godt at dette ikke er på grunn av alderen på DNA, men på mangelen på en referanse.»

Vanlig brukt forsøksdyr

I mangel på et bedre eksempel brukte teamet genomet til den norske brunrotten som referanse. Den rotten delte en stamfar med den utdødde juleøya-arten for 2,3 millioner år siden, noe som gjør den til den nærmeste levende slektningen. Fordi det er et ofte brukt laboratoriedyr, er det genomet godt kjent.

Selv om det var mulig å kartlegge nesten hele genomet til det utdødde dyret, viste det seg at fem prosent ikke kunne spores. Det var slående at disse genene ikke var fordelt gjennom genomet. Det meste så ut til å ha sammenheng med luktesansen og immunforsvaret.

I tillegg til kloning og avl, er genteknologi en av tre metoder som forskere forsøker å gjenopplive utdødde arter på. I teorien kan forskere sammenligne genomet til en utdødd art med genomet til en levende art. For så å justere de delene av genomet til levende arter som ikke samsvarer ved hjelp av CRISPR-teknologi. Juleøyrotta er et interessant tilfelle fordi den skiller seg like mye fra en norsk brunrotte som en elefant fra en mammut; en av artene som forskere prøver å gjenopprette.

Ganske

«Hvis du skal bruke CRISPR for å endre genomet til en brun rotte til genomet til en juleøyrotte, kan du ikke endre immun- og luktegenene,» sier Gravendeel. — Du vet tross alt ikke hvordan det skal være. Det er derfor, i beste fall, hvis du kan få en brun rotte til å fungere som surrogatmor for en juleøyrotte, får du et hybrideksemplar. «Etter noen generasjoner har den lille biten av DNA fra juleøyrotta allerede forsvunnet fra befolkningen.»

Det er flere tekniske problemer. For å gi nytt liv til en art, trengs det ganske mange genetisk forskjellige dyr. Og det krever også flere kopier av den utdødde arten. I mange tilfeller er det ikke det. Videre gjenstår det å se om disse nye dyrene kan overleve i verden slik den er nå. Gravendeel: «Juleøyrotta ble utryddet relativt nylig, men på grunn av klimaendringer vil øya nå se veldig annerledes ut.»